1 基因工程的原理與步驟
基因工程始于70年代初。1973年美國斯坦福大學科恩研究小組首次將大腸桿菌中兩個不同的抗藥性的質粒（一種在細菌染色體以外的遺傳單元，通常由環形雙鏈DNA構成）結合在一起，構成一個雜合質粒，再引入大腸桿菌。結果發現這種雜合質粒不但復制，而且能夠同時表達出原來的兩種抗藥性。第二年科恩等人又用金黃色葡萄球菌中的抗藥性質粒與大腸桿菌的抗藥性質粒結合，得到了同樣結果。接著他們又進一步用高等動物非洲爪蛙的決定核糖體RNA結構的基因（rRNA）與大腸桿菌的質粒重組到一起，并引進到大腸桿菌中去，結果發現爪蛙的基因在細菌細胞中同樣可以復制與表達，產生出與爪蛙核糖體RNA完全一樣的RNA。科恩等人的工作證明，人們可以根據自己的意愿、目的，通過對基因的直接操縱而達到定向改造生物遺傳特性，甚至創造新的生物類型。
基因工程一般要經過五個步驟。第一步是目的基因的分離與制備，其方法主要包括從細胞中分離提純和人工合成。人工合成是指先通過化學合成方法合成出一個個小的DNA片段，然后再用連接酶把這些小片段聯接成為一個完整的基因。
第二步為目的基因與載體的連接。雖然直接把目的基因引入變體細胞，這也不是不可能的，但多數情況下因每種生物經過漫長的進化演變，已具有抗拒異種生物侵害而保存自己種族的本領。所以，當外源DNA赤裸裸地進入細胞后往往會被一種叫做限制性內切酶的酶類破壞分解。這就需要一種能夠把目的基因安全送進受體細胞的運載工具，即載體。這些載體除能比較方便地進入受體細胞外，還要能在受體細胞中復制自己，以便擴增。此外，基因工程中所應用的載體往往帶有一定的選擇標記和特定的酶切位點，這樣可以方便選擇和裝拆外源DNA。最常用的載體是質粒（如大腸桿菌質粒pBR322）和病毒（如λ噬菌體——一種細菌病毒，為雙鏈DNA）。外源DNA與載體DNA連接即形成重組DNA。在連接過程中通常需要兩種酶：限制性核酸內切酶（能特異性的切斷DNA鏈）和連接酶。
第三步為將重組DNA引入受體細胞。重組DNA分子建立之后，還要引進到受體細胞中去，使細胞獲得新遺傳特性，此過程稱為轉化或感染。目前基因工程的受體細胞主要是細菌，因為細菌具有操作方便，易于培養，繁殖迅速等優點。
第四步為篩選出含有重組體的克隆（即復制）。由于細胞轉化的頻率較低，轉化率一般在10-6水平，即轉化后的帶有重組DNA的細菌只占其總數的百萬分之一，所以必需用一些方法進行檢出和篩選。然后對篩選出的含有重組體DNA的細胞進行克隆。圖6．11為DNA重組體的構建與克隆示意圖。
通過以上步驟，便得到了帶有異源目的基因的細菌。第五步就是要使這些帶有異源目的基因的細菌得到表達，生產出人類所需要的產品。
人們已經成功地利用這種將外源基因導入細菌中的技術，將人或動物的某些基因（如胰島素等）導入大腸桿菌，取得了舉世注目的巨大成果。
2 基因工程在農業和醫藥領域的應用
長期以來，人們用動植物和微生物手段（即雜交和選擇）來培養植物和動物新品種。后來又發展到人工誘變。但是，不同物種之間的生殖隔離給種間雜交帶來了極大的困難。同時，人工誘變又不能定向，所以以往的育種工作帶有很大的盲目性，并且效率極低。許多育種專家一生的心血只能培育出幾個優良品種。從理論上講，基因工程可以把任何不同種類生物的基因組合到一起，使得它具有所需要的遺傳特性，這是人類向育種的自由王國邁出的一大步，使得在定向改造生物本性方面具有了前所未有的預見性和準確性。
在農作物中，已成功地對馬鈴薯進行了改造，不但使其獲得了抗病毒基因，而且也得到了高蛋白質含量的馬鈴薯新品種。把一個蛋白水解酶抑制劑基因引入煙草之后，使得以煙葉為食的害蟲不能消化其中的蛋白質而無法繁殖，從而這一煙草品種就獲得了抗蟲害的能力。對蕃茄的基因改造得到了比較不易軟化和擦傷的品種，因此可以在成熟后收獲并且保存較長時間，也避免了過去在成熟前收獲而口味不好的缺點，該產品已經在美國上市。雖然植物基因工程的應用還剛剛開始，但為農作物的大量增產和品種改造提供了無法估量的發展前景。
基因工程在醫藥領域也有廣闊應用前景。水蛭素是從水蛭中提取到的一種抗凝血、抗血栓藥物，它是由65個氨基酸組成的多肽。由于醫用水蛭來源有限，直接從中大量分離水蛭素供給治療需要是不可能的。現在可以利用基因工程技術大量生產水蛭素。重組水蛭素與天然水蛭素的藥理活性基本相同。
組織血栓溶酶活化蛋白（TPA）是另一種有助于溶化血栓的蛋白質，但在生物體中含量甚微，不可能用天然來源制備這種藥物，現在已經能夠用基因工程技術大量生產，并被用于中風的預防和治療中。僅此一產品，年產值已達2.3億美元。治療糖尿病的藥物胰島素，也已用基因工程的方法來生產，年銷售額約5.7億美元。
目前世界上的生物工程公司已經在幾年前紛紛建立的基礎上取得了很大發展，各種疫苗、抗生素、激素、酶等產品可利用基因工程技術大量生產。估計到1997年生物高技術產品的世界銷售額將達71億美元。
3 人類基因組工程與基因治療
應用DNA重組技術，可以很容易地將各種生物體的全部基因組的遺傳信息貯存在可以長期保存的、穩定的重組體中，以備需要時應用。這好像將文獻資料貯存于圖書館一樣，所以稱基因文庫（ge-nomic library）。人類基因文庫的建立是一項意義重大的工程，稱為人類基因組工程。
在這項工程中，科學家正在進行巨大的努力，要在21世紀初（約2005年）弄清人類8萬個基因中每個基因所含的4種核苷酸（共30億個堿基對）的排序，以及每個基因在23對染色體中的確切位置，從而確定全部的人類基因，從中了解控制生命過程的全部信息。從現在的技術發展速度來看，完成這項工程大約需要10～15年時間，投資30億美元，全部完成后，如果印成書，以每頁3000個印刷符號計，會有100萬頁。這將遠遠超過現有的任何一種百科全書的篇幅。
就像19世紀末發現的元素周期律為20世紀作好準備，使化學工業、量子力學理論出現了大發展一樣，人類基因組工程將為21世紀的發展作好準備，它能夠產生對待現在還不能控制的各種危及人類生命的常見病、遺傳病以及癌癥等的根本方法和技術。有了這個巨大的基因數據庫，人們就可以知道每個基因所發揮的作用，并確定哪些基因與疾病有關。通過這種方法可以找到致病的原因，然后對有關的基因進行修復、校正等特異性的“治療”，從而達到根治疾病的目的，這就是所謂的基因治療。預計在不遠的將來，許多遺傳疾病和癌癥可望通過基因治療得到根治。
人類的遺傳疾病是由于基因上的缺陷導致某些蛋白質制造能力的喪失而引起的。早已知道鐮刀狀貧血病是由于血紅蛋白基因中的一個核苷酸T突變為A（遺傳密碼由CTT變為CAT），造成蛋白質中的一個谷氨酸被纈氨酸代替，從而引起脫氧血紅蛋白溶解度下降，在細胞內成膠或聚合，使紅細胞變形成為鐮刀狀，并且喪失結合氧分子的能力。另外一種比較常見的遺傳病是由于編碼苯丙氨酸羥基化酶的基因丟失，人體不能合成苯丙氨酸羥基化酶，造成苯丙氨酸在人體內的積累而引起的癡呆癥。利用DNA重組技術，人們可以用正常功能的基因片段去替換或插入有缺陷的基因片段中，來治療遺傳性疾病。這種方法由于涉及到對異常基因進行“修補”，所以稱為基因修補。基因修補是基因治療方法中的一種。基因修補可望在21世紀中葉成為根治遺傳性疾病的實用手段。