掃描隧道顯微鏡使用電子學(xué)的方法，用一個(gè)金屬針尖在在樣品表面掃描。當(dāng)針尖和樣品表面距離很近時(shí)(1nm以下)， 針尖和樣品表面之間會(huì)產(chǎn)生電壓。當(dāng)針尖沿X和Y方向在樣品表面掃描時(shí)，就會(huì)在針尖和樣品表面第一層電子之間產(chǎn)生電子隧道。該顯微鏡設(shè)計(jì)的沿Z字形掃描， 可保持電流的恒定。因此，針尖的移動(dòng)是隧道電流的作用，并且可以反映在熒光幕上。連續(xù)的掃描可以建立起原子級(jí)分辨率的表面像。與電子顯微鏡或 X線衍射技術(shù)研究生物結(jié)構(gòu)相比，掃描隧道顯微鏡具有以下特點(diǎn)∶

① 高分辨率 掃描隧道顯微鏡具有原子級(jí)的空間分辨率，其橫向空間分辨率為 lÅ，縱向分辨率達(dá)0.1Å，② 掃描隧道顯微鏡可直接探測(cè)樣品的表面結(jié)構(gòu)，可繪出立體三維結(jié)構(gòu)圖像。③ 掃描隧道顯微鏡可在真空、常壓、空氣、甚至溶液中探測(cè)物質(zhì)的結(jié)構(gòu)。由于沒(méi)有高能電子束， 對(duì)表面沒(méi)有破壞作用(如輻射， 熱損傷等)所以能對(duì)生理狀態(tài)下生物大分子和活細(xì)胞膜表面的結(jié)構(gòu)進(jìn)行研究，樣品不會(huì)受到損傷而保持完好。 ④ 掃描隧道顯微鏡的掃描速度快，獲取數(shù)據(jù)的時(shí)間短，成像也快，有可能開(kāi)展生命過(guò)程的動(dòng)力學(xué)研究。⑤ 不需任何透鏡， 體積小，有人稱之為"口袋顯微鏡"(pocket microscope)。