對于綠色食品的生產過程中可施少量農藥，有人可能憂心忡忡，但這是不必要的。農藥有許多種類，有高毒品也有低毒品。世界上新發展起來的不少農藥品種都是低毒、低殘留、生物可降解的環境友好型農藥，有的甚至本身就是生物體的正常成分，也就是所謂的生物農藥，不會對人體和環境造成危害。綠色食品既然能夠符合國家標準，就證明它是無污染、無危害、對人安全有益的食品，人們可以放心地食用。

　　為了確保綠色食品的質量，合理使用和管理生產綠色食品的農藥，我國特制定了《綠色食品的農藥使用規則》。它是生產綠色食品的生產資料使用系列準則之一。
　　
　　規則規定，綠色食品生產應從作物--病蟲草等整個生態系統出發，綜合運用各種防治措施，創造不利于病蟲草害孳生和有利于各類天敵繁衍的環境條件，保持農業生態系統的平衡和生物多樣化，減少各類病蟲草害所造成的損失。要優先采用農業措施，通過選用抗病蟲品種，盡量利用燈光、色彩誘殺害蟲，機械捕捉害蟲，機械和人工除草等措施，防治病蟲草害。
　　
　　在特殊情況下，必須使用農藥時，應按綠色食品的分類遵守以下準則：
　　
　　AA級綠色食品的農藥允許使用AA級綠色食品生產資料農藥類產品。在AA級綠色食品生產資料農藥類不能滿足植保工作需要的情況下，允許使用某些指定的農藥及方法。
　　
　　A級綠色食品的農藥允許使用AA級和A綠色食品生產農藥類產品。在AA級和A級綠色食品生產資料農藥類產品不能滿足植保工作需要的情況下，允許使用指定的農藥及方法。
　　
　　此外，還需嚴格執行以下規定：
　　
　　1.嚴禁使用劇毒、高毒、高殘留或具有三致毒性(致癌、致畸、致突變)的農藥。
　　
　　2.每種有機合成農藥(含A級綠色食品生產資料農藥類的有機合成產品)在一種作物的生長期內只允許使用一次。
　　
　　3.有機合成農藥在農產品中的最終殘留應符合GB4285等標準的最高殘留限量(MRL)要求。
　　
　　4.嚴禁使用高毒高殘留農藥防治貯藏期病蟲害。
　　
　　5.嚴禁使用基因工程品種(產品)及制劑。
　　
　　另外，農業部門根據各地蔬菜市場農藥檢測結果綜合分析,發現農藥殘留易超標的蔬菜有：白菜、青菜、雞毛菜、韭菜、黃瓜、甘藍、菜豆、芥菜等。其中韭菜、油菜受污染可能性最大。青菜蟲抗藥性較強，菜農為了盡快殺蟲,會選擇高毒農藥。韭菜的蟲害韭蛆常生長在母體內,所以菜農用大量高毒殺蟲劑灌根，而韭菜具有的內吸毒特征使得毒物遍布整個株體。相比較，茄果類蔬菜如青椒、番茄等,嫩英類蔬菜如豆角等,以及鱗莖類蔬菜如蔥、蒜、洋蔥等農藥殘留超標現象較少。