發病后期葉鞘和莖稈內部，可見灰白色菌絲和黑褐色菌核。核菌的分生孢子也可直接侵害穗部，引起穗枯。

二、病原鑒定。在黑龍江省引起稈腐菌核病的病原菌主要為小球菌核菌，屬于半知菌亞門，絲孢目，雙曲孢屬的（稻雙曲孢菌）真菌引起。該菌在水稻葉鞘的病斑上或浮出的菌核上長出稀疏不分枝、深褐色的分生孢子梗，其上產生新月形的分生孢子，一般有3個隔膜，中間兩個細胞較大，暗褐色，兩端細胞較小，淡褐色或無色，大小為41-63微米×11-15微米。

菌核黑色，球形，表面光滑，直徑約為0.25毫米，剖視菌核有內外兩層，內層淡褐色，外層黑褐色。

三、侵染循環。病菌以菌核在病稻樁、病稻草上或散落在土壤中越冬、來年春天灌水后，菌核則浮于水面，插秧后就浮著在近水面的稻株葉鞘上，溫、濕度適宜、菌核萌發產生菌絲直接穿透葉鞘表皮或從傷口侵入。菌絲在鞘內向上、下或深層擴展，引起發病。病菌可在葉鞘上形成菌絲或菌絲塊，可與臨近健株接觸而感染，呈水平擴展。

病斑或水面上菌核產生的分生孢子，借風雨、灌溉水和飛虱、葉蟬等害蟲的活動而傳播。菌絲和菌絲塊還可隨土壤和病殘體的移動使病害擴展，尤其灌溉水、水田機械以及人工在田間作業等進行再侵染。發病后期在葉鞘和莖稈內形成大量菌核，水稻收割后脫落于稻田內，或在殘留稻樁內仍繼續產生菌核，成為來年發病的初侵染源。

四、發病條件。⑴菌源數量：越冬菌源的多少是發病的主因，尤其稻田土壤中和稻樁內的菌核多，發病重。⑵傳播途徑：菌核小而多，傳播機會也多，如水田機械作業（翻、旋、耙、平地或機械插秧、收割、脫谷等）或人工作業（修池埂、插秧、施肥、噴藥、拔草等）將泥土中菌核從有病田傳入無病田。

此外，灌溉水也可將漂浮于水面的菌核從有病田傳入無病田。

五、施肥與灌溉。⑴施肥：稻田內施用氮肥過多或過遲以及缺少磷、鉀肥，稻株抗性弱、均可加重病情。⑵灌溉：一般采用深灌，后期斷水過早的稻田或長期深水灌溉及排出不良的稻田，水稻抗病力弱，發病較重。⑶害蟲：稻田內飛虱、葉蟬數量多，危害重，尤其造成的傷口多，有利于病菌的傳播和侵入，使病害加重。⑷品種：經調查，尚無免疫或高抗品種，但品種間抗病性差異較大，抗病品種有墾稻8號、墾95-295、綏粳3號。

六、調查方法。調查方法通過7月上旬在稻田調查，首先明確不同病情的稻田，并根據不同病情采取不同防治方法。根據病情（包括菌核），一般可分為三種類型的田塊：

1、無病田指尚未發現稈腐菌核病的田塊。

2、輕病田指病株率低，未見倒伏病株，病株基部1-2節莖稈空腔內菌核少。

3、重病田指病株率高，已見倒伏病株，病株基部1-2節莖稈空腔內菌核多。

七、防治方法如下

1、對于無病田應杜絕菌源。對尚未發病的稻田，堅決禁止菌源（菌核）的傳入。⑴種子清選。防止菌核和病殘體混雜在種子間，應通過風選或機選，將病菌（菌核）淘汰出去，如用清水清選亦可。⑵嚴禁病殘體進入新稻田與苗床接觸，堅決不用有病稻田土壤進行育苗。⑶禁用有病稻田水灌溉無病稻田水。⑷機械作業時，應從無病稻田開始，然后再進入有病稻田（最好無病稻田有專用機械）。⑸人工在田間作業時，亦應先在無病田進行，然后再進入有病田作業。

2、對于輕病田應做到：⑴打撈菌核。第二年插秧前，在整平土地灌水以后，盡量打撈混雜在“浪渣”內，被風吹到田間或田角的菌核和病殘體可用打撈工具打撈“浪渣”，并帶出田外深埋或涼干后燒掉。⑵堅決防止機械、人工以及灌水的傳播。⑶齊泥割稻：即緊貼地面進行收割，防止稻茬內菌核落入稻田。將收割的稻株在遠離稻田處進行脫谷，將病殘體銷毀。

3、對于重病田，除無病田和輕病田防治方法外尚應進行藥劑防治與輪作。⑴藥劑防治：①25%施保克（咪鮮胺）乳油，每公頃1125-1500毫升，加水噴霧；②40%多菌靈懸浮劑，每公頃1500毫升，或50%多菌靈可濕性粉劑每公頃1500克，加水噴霧。噴藥重點為稻株基部1-2節，要求做到每穴所有稻株基部均要噴得均勻、周到。⑵輪作：對減產嚴重的重病田應采取兩年以上水旱輪作，即改種兩年旱作（如大豆、小麥等）。