導致魚發生肝膽綜合癥的原因很多，概括起來主要有以下幾個方面。⑴病原微生物感染。如嗜水氣單胞菌、愛德華氏菌及彈狀病毒、呼腸孤病毒等病原微生物感染，都會直接或間接導致魚發生肝炎。病原微生物在魚肝臟內大量繁殖，產生毒素，引起肝細胞代謝障礙，導致肝細胞變性、壞死。⑵營養性因素。飼料營養水平過高容易引發魚類肝病。高蛋白質飼料易誘發肝臟脂肪積累，破壞肝功能，干擾魚的正常生理代謝；飼料中碳水化合物含量過高，會引起魚類糖代謝紊亂，造成內臟脂肪積累，妨礙正常的機能，引發脂肪肝；投喂含脂肪過多的飼料能直接引起肝病。此外，飼料的營養指標與養殖對象不合適，如用鯉魚飼料喂團頭魴或草魚，用魚苗、魚種飼料喂成魚等都會引起肝病。投喂飼料過度，每天多次不間斷地強化投喂，會引起魚體生長過速，出現肥胖和脂肪肝。魚飼料中氧化酸敗的脂肪所產生的醛類物質具有很大的毒性，對魚肝臟的損傷很大，影響肝臟的正常功能。⑶藥物性因素。如重金屬中毒，農藥、氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫中毒等，會造成魚肝組織變性、壞死。長期在飼料中添加對魚肝臟有損害的藥物及用藥不當是發生藥源性肝炎的主要原因。長期在飼料中添加高劑量喹乙醇、黃霉素等促生長藥物會造成魚肝臟損害。高劑量使用殺蟲藥物也容易蓄積在魚體內，直接損害魚肝臟。

由于引起魚肝膽綜合癥的病因很多，因此防治魚肝膽綜合癥應采取綜合措施。⑴選用優質飼料，科學投喂。嚴格按照科學養魚的要求，選用營養豐富全面的飼料，切忌過量投喂；防止蛋白質變質和脂肪氧化，防止飼料受潮發霉變質。⑵正確用藥。不要低劑量、長期在飼料中添加對魚肝臟有損害的藥物，如土霉素、磺胺類、四環素類藥物等；不用副作用大和殘留高的漁藥，如敵百蟲、硫酸銅等，更不能用國家禁止使用的漁藥或以農藥代替漁藥施于水體中。在治療魚肝病時要盡量弄清病原，標本兼治。⑶合理密養，做好水質調控工作。魚的放養密度要進行合理控制，必須根據魚池水深、底質條件、水源和飼料供應、養殖水平來確定。養殖密度超出魚的承受能力，會增加魚的應激反應，對肝臟造成損害。當水中氨氮濃度含量過高時，魚體內氨的代謝產物難以正常排泄，蓄積于血液中，也易引起魚肝膽疾病的發生。